Interesting blogs

core genomics

http://microscopebioinformatics.org/

Replicates

How many replicates are needed in an RNA-seq experiment

The new article in RNA journal authors tells us that at least 6 replicates (12 for 2 conditions, respectively) should be used for identification all differently expressed genes at 5% FDR.

Authors benchmarked 11 methods for differential expressed genes identification. They recommend using edgeR and DESeq2 R libraries if you have fewer replicates and DEseq for more than 6 replicates. To choose fold-change threshold (T) you should consider the number of replicates: for 3 replicates T >= 0.5, for 10 and 30 are 0.25 and 0.15, respectively.

[Сколько необходимо повторностей для определения дивверенциально-экспрессирующихся генов в РНК-сек эксперименте

В новой статье, опубликованной в журнале RNA авторы советуют использовать не менее 6 повторностей (12 для 2 условий) для того, что бы определить все дифференциально экспрессирцющиеся гены с не более чем 5% ложноположительными идентификациями. 

Авторы сравнили 11 различных методо для определения дифференциально экспрессирующихся генов и рекомендуют ипользовать бибилиотеки R edgeR и DESeq2 для меньшего количества повторностей и DESeq для количесвта повторностей для большого числа повторностей. Чтобы выбрать порог для отношения уровней экспрессий нужно учитывать количество повторностей: для 3 порог не ниже 0.5, для 10 и 30 - 0.25 и 0.15, соответственно.]